Die Pumpe im Aquarium erzeugt Strömung und reichert dadurch das Wasser mit Sauerstoff an. In den üblichen Aquarienfiltern ist die Pumpe bereits enthalten. Sie saugt das Wasser in den Filter, wo es die Filtermedien durchläuft, und führt es anschließend zurück in das Becken. Aquarienpumpen gibt es einzeln, mit Innenfilter oder mit Außenfilter.

Die Pumpe gehört zum Filtersystem. Sie saugt das Wasser in den Filter, wo es mithilfe von Filtermedien und der darauf siedelnden Bakterien gereinigt wird. Nachdem das Wasser alle Filtermaterialien durchlaufen hat, strömt es gereinigt durch den Auslass zurück in das Becken. Zu einem Innenfilter gehören die Aquariumpumpe, der Kopf mit Ansaugöffnung, ein Gehäuse und Schaumstoffpatronen oder anderes Filtermaterial. Während der Innenfilter das Wasser innerhalb des Beckens reinigt, fördert die Pumpe beim Außenfilter das Wasser über ein Ansaugrohr in den Filter und führt es nach der Reinigung über einen Ausströmer wieder in das Becken zurück. Die meisten Pumpen sind hinsichtlich Fließrichtung und Fördermenge des Wassers individuell einstellbar, sodass Sie diese Kriterien optimal an die Bedürfnisse der Aquarienbewohner anpassen können. Bei Verwendung eines Innenfilters sollten Sie bedenken, dass der Filter Platz im Becken beansprucht und somit das Wasservolumen verringert. Außenfilter werden normalerweise in Aquarien ab einer Füllmenge von 100 Litern verwendet; sie verfügen über mehrere Filterkammern, die Sie mit unterschiedlichen Filtermedien bestücken können. Neben der Reinigung des Wassers hat die Aquariumpumpe einen weiteren positiven Effekt: Durch die Wasserzirkulation gelangt mehr Sauerstoff ins Becken. Viele Wasserbewohner schätzen ein Leben in der Strömung. Hierfür gibt es spezielle Strömungspumpen, die das Wasser stärker bewegen.

Separate Aquariumpumpen lassen sich in der Regel mit Saugnäpfen an der Glasscheibe befestigen. 

Das Filtersystem von Innenfiltern sollten Sie bei Bedarf (wenn zu viel Mulm den Durchfluss behindert) kurz mit Aquarienwasser durchspülen. Spülen sie nur die groben Verunreinigungen ab, um möglichst viele Filterbakterien zu erhalten. Bei Außenfiltern greifen Sie nur ein, wenn die Leistung spürbar nachlässt. Spülen Sie nur einen Teil der Filtermedien schnell mit Aquarienwasser durch und entfernen Sie lediglich den groben Schmutz. Auch wenn Filtermedien ersetzt werden müssen, wechseln Sie nie alle gleichzeitig aus.